Comparaison de Séquences Répétées En Tandem -

. .

Résumé :
Les s?quences r?p?t?es en tandem sont une classe de s?quences g?n?tiques constitu?es de motifs adjacents dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cet ouvrage, nous traitons le probl?me de leur comparaison par alignement. Notre mod?le consid?re, en plus des trois op?rations classiques : mutation, insertion et d?l?tion, l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la s?quence, c'est-?-dire un ou plusieurs caract?re(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copi? ? c?t? du facteur original, la contraction est l'?v?nement inverse. Nous proposons une m?thode donnant un score d'alignement entre deux s?quences r?p?t?es en tandem. Le probl?me est difficile car les op?rations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel ? de l'algorithmique de graphe. Nous avons r?alis? un programme nomm? MS_Align qui impl?mente cette m?thode. Il s'agit du premier programme capable d'aligner des cartes de minisatellites. ? l'aide de ce programme, nous avons ?tudi? des donn?es biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre mod?le ?volutif s'applique bien ? ce type de s?quences d'ADN....

Biographie:
S?verine B?rard, docteur en informatique, ?tudes d'informatique ?l'universit? Montpellier 2, recherche en bioinformatique dans ledomaine de l'analyse de s?quences g?nomiques. Actuellement ma?trede conf?rences ? l'universit? Montpellier 2....