Automates Cellulaires - Louvet, Benjamin

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Résumé :
Ce sujet, issu d'une collaboration entre le LIMOS et le LPC, s'inscrit dans une d?marche de recherche permettant la mise en synergie des domaines de la biologie, de la physique et de l'informatique par la proposition d'une d?marche de simulation permettant la r?alisation d'exp?riences in silico. Pour cela, nous nous proposons de d?velopper une plateforme logicielle d?di?e ? la mod?lisation multi?chelle des syst?mes biologiques, qui pourra par la suite ?tre interfac?e avec les outils de simulation de physique des particules, ainsi qu'un mod?le individu-centr? de cellule biologique param?trable ? l'aide de donn?es obtenues d'exp?riences in vitro. Nous pr?sentons l'?laboration de cette plateforme et la d?marche de validation de ses fonctionnalit?s ? travers l'impl?mentation de mod?les d'automates cellulaires de la litt?rature. Nous pr?sentons ensuite la construction du mod?le de cellule en prenant le temps d'expliquer comment est pris en compte le syst?me biologique, comment nous le mod?lisons puis comment nous param?trons le mod?le. Le mod?le est alors utilis? pour retrouver les courbes de croissance d'une population de bact?ries E. coli en utilisant des donn?es de fluxomique....

Biographie:
Apr?s un cursus de biochimiste, la possibilit? de m?ler cette science ? l'utilisation de l'informatique avait de quoi s?duire le technophile que je suis.Je crois ? la biologie virtuelle pour acc?l?rer la recherche et le d?veloppement de nouvelles solutions, r?duisant le co?t que cela repr?sente et am?liorer l'impact ?thique aupr?s du grand public.